|
Есть матрица PAM, квадратная, порядка 4. Заданы все ее элементы (буквенно) Нужно найти PAM через n мутаций - как это сделать? Прочел уже несколько статей, но так и не понял, как это сделать( задан 6 Ноя '12 1:59 
Stas0n
показано 5 из 7
показать еще 2
|
|
Места в комментариях уже не хватает. Неясно все-таки условие. Вам дана только одна матрица? Да еще 4х4? Да еще состоящая из букв? Видимо, это не та PAM-матрица, про которую говорится в ссылке. Может, напишете задание подробнее? Для этого можете отредактировать свой вопрос и вставить данные туда. Если не умеете вставлять формулы, сделайте понятно, я потом поправлю. Дополнение. Видимо, матрица выглядит так:
$$\left(
\begin{array}{ccc}
1-3a & a & a & a\\
a & 1-3a & a & a \\
a & a & 1-3a & a\\
a & a & a & 1-3a
\end{array} \right)$$
Может, размерность 4 соответствует не аминокислотам (коих 20), а четырем азотистым основаниям (аденин, гуанин, тимин и цитозин)? Собственно, именно в них происходят мутации (замена одного другим). Тогда матрица показывает вероятность замены каждого основания другим (это $%a$%) или того, что оно останется неизменным (эта вероятность равна $%1-3a$%, так как сумма в каждой строке равна 1). Не уверена, но подозреваю, что эта матрица соответствует одной мутации, тогда n мутаций соответствуют умножению на нее n раз, т.е. данную матрицу надо возвести в степень n. На каждом шаге будет получаться матрица такого же вида, основной элемент $%a_n$% определяется из рекуррентного соотношения $%a_n = a + a_{n-1}-4a\cdot a_{n-1}$%, где $%a_1 = a$%. При больших n эта матрица стремится к виду, состоящему из одинаковых чисел (а именно, 0,25). отвечен 6 Ноя '12 15:31 
DocentI Да, вообщем-то, нечего исправлять - дана только матрица 4*4 с элементами - буквами везде в матрице стоит буква "а", а на диагонали стоит "1-3а", а - вероятность мутации (т.е. перехода из состояния i в состояние j) Комментов можно максимум 4 оставлять от одного пользователя. Если лимит исчерпан, то можете удалять старые комменты.
(6 Ноя '12 15:34)
Stas0n
Насчет комментов - знаю, просто там не развернешься. У Вас в матрице не буквы, а числа, зашифрованные буквами. А каков текст самой задачи? Что дано, что надо найти?
(6 Ноя '12 18:09)
DocentI
Нет, тут не просто возведение в степень. В той ссылку указанно, как получить матрицу, спустя n мутаций. Там же просто возведение в степень, не так ли..
(7 Ноя '12 20:16)
Stas0n
В той ссылке вообще другая матрица, 20х20. Там f - наблюдаемая частота аминокислот. У Вас, наверное, это частоты четырех оснований. Ну, считайте, что все они равны между собой: почему бы и нет? А впрочем, гадать, что означают те или иные понятия, использую какие-то аналогии - дело неблагодарное.
(7 Ноя '12 20:40)
DocentI
Это где й то в той ссылке вы нашли слова про то, что М - это матрица, состоящая из количества замен? Вот цитата из статьи: " the value in a given cell represents the probability of a substitution of one amino acid for another" - где тут слова про количество замен? Логарифм к матрице? Да вы вообще статью то читали? Где там написанно про логарифм К МАТРИЦЕ?
(9 Ноя '12 1:37)
Stas0n
Вы все так хорошо поняли? Вот и решайте сами!
(9 Ноя '12 9:40)
DocentI
Если Вы хотите, чтобы на Ваш вопрос отвечали - проявите уважение к участникам форума, внесите теорию прямо в вопрос, чтобы нам не приходилось лазить по ссылкам. И желательно в переводе на русский. Не имею желания больше заниматься Вашим вопросом.
(9 Ноя '12 9:43)
DocentI
и вам не болеть
(9 Ноя '12 22:11)
Stas0n
показано 5 из 8
показать еще 3
|
Вот определение: "PAM matrices are amino acid substitution matrices that encode the expected evolutionary change at the amino acid level."
Попытаюсь перевести. "PAM - матрица замены (подстановки?) аминокислот, которая кодирует ожидаемые эволюционные изменения на уровне аминокислот." Получено с помощью Google с последующей доработкой.
Ясно, что ответ на Ваш вопрос относится не собственно к математике, а большей частью к генетике. Здесь вряд ли есть специалисты. Так что у Вас два пути: либо ждать такового, либо подробнее расписать генетический смысл понятий.
Нет, генетики тут нет) Тут речь идет о марковских цепях. Просто, если найдете алгоритм, которые помагает найти эту матрицу через несколько мутаций, то мне не понятно его описание.
Описание можно тут посмотреть: http://en.wikipedia.org/wiki/Point_accepted_mutation#cite_note-Pevsner-1
Как найти f(i)?
Да, используется в генетике, но описывается все это дело математикой же. Не нужно заострять внимание на генетике.
В вашей ссылке сказано:
Откуда же математикам знать, как их находить? Это экспериментальные данные.
Кстати, почему матрица порядка 4? Если это аминокислоты, их 20, и в ссылке указаны вроде матрицы 20х20.
Я в генетика знаю не больше вашего. Передо мной стоит задача - найти PAM через n мутаций. Зfдана только сама матрица PAM и ничего больше.
Думаю, неспроста не задали эти частоты... Наверняка как-то можно обойтись без них или найти из матрицы. Только еще не понял как это сделать.
Молодец! Нагрубил и не извинился - далеко пойдет!